マレーシアの政体は、1957年のマラヤ独立憲法と、それを継承する1963年のマレーシア連邦憲法に規定され、連邦制の下での立憲君主制が採用されている。イギリスの旧植民地であったことも影響し、統治制度は、議院内閣制が採用されている。
(1) 元首と連邦制
マレーシアの国家元首の地位にあるのは国王（Yang di-Pertuan Agong）である。国王は、各州レベルでの元首に相当する統治者によって構成される統治者会議（Majilis Raja-Raja）を通じて5年ごとに選挙によって選出される。候補者として国王に就任する資格を持つのは、マレー半島部の9州の世襲の統治者である（憲法32条、38条）。ただし、これまでの国王は慣例として9州から輪番制で選出されている。国王は「連邦の第一人者（憲法32条1項）」で、連邦の行政権は国王に付与されている（憲法39条）。国王は同時に国教であるイスラームの長で、陸海空の3軍を統率する。ただし、国王の行政権や軍の運用等は首相或いは首相を筆頭とする内閣の助言に基づいて行使されるため、実質的な権限は首相が有している（憲法40条）。マレーシアに独特な国王に関する憲法規定は、第153条のマレー人及びサバ、サラワクの先住民の社会・経済上の特権に関わる規定であり、国王にはこの特権を守る責任があることが規定されている（「民主化の経緯」の箇所も参照）。
連邦制をとるマレーシアでは、13の州から構成され、そのうちのクダ、クランタン、トレンガヌ、パハン、ペラ、スランゴール、ヌグリスンビラン、ジョホールの7州にはスルタン、ヌグリスンビラン州にはヤン・ディプルトゥアン・ブサール、プルリス州にはラジャが君臨しており、これらの9州の世襲の統治者は上述の国王になる資格を持つ。あとの4州（ペナン、マラッカ、サバ、サラワク）には国王が任命する州元首（Yang di-Pertua Negeri）が世襲の統治者に代わって置かれている。また、この13州の他にクアラルンプール、プトラジャヤ、ラブアンが連邦直轄地となっている。各州では、一院制の州議会が立法権を司り、州元首に任命された州首相（スルタン等が存在する9州ではMentei Besar、他の4州ではKetua Menteri）に率いられる州執行評議会（EXCO）が行政権を司る。
マレーシアの地方制度は上から連邦政府、州政府、自治体の三層構造になっている。地方自治体は特別市、一般市、町の3つの分類がある。自治体の長と議員は1960年代まで選挙で選出されていたが、現在では選挙が中止され、州政府による任命制となっている。連邦と州の権限配分は憲法第9付表に規定され、州はイスラーム法、マレー人の生活習慣、土地、農林業、地方自治などが主な権限となっている。連邦は国防、外交、教育など幅広い権限を持ち、連邦と州の権限が重複する場合は連邦に優先権がある。州は自治体に対して、全般的な監督権限があるものの、連邦は憲法95A条に規定された組織である国家地方自治評議会（Majlis Negara bagi Kerajaan Tempatan）を通じて自治体をコントロールすることが可能になっている。
(2) 立法権
連邦の立法権を付与されているのは、連邦議会である（44条）。連邦議会は上院（Dewan Negara）と下院（Dewan Rakyat）の二院から構成される。上院は、各州から2名ずつ選ばれる26名と国王によって任命される44名の計70名（任期3年）によって構成される。下院は、小選挙区で選出される222名（任期5年）から構成される。旧宗主国のイギリスの制度を受け継ぎ、下院が首相選出、予算、法案審議などで優越する。
(3) 行政権
連邦の行政権は国王に属しているものの、実際は首相及び内閣の助言に基づいて行使されるため、実質的には首相及び内閣が行政権を行使している。連邦下院議会で多数の信任を得ている議員が国王によって内閣の長である首相に任命される。各大臣は首相の勧告に基づいて国王が任命するが、連邦の上院あるいは下院のいずれかの議員である必要がある。
(4) 司法権
司法制度は3審制をとっており、上から連邦裁判所、控訴裁判所、高等裁判所があり、下級裁判所としてセッションズ裁判所とマジストレート裁判所がある。連邦元首や州元首に関わる裁判事項は特別法廷で扱われる。これらの裁判所以外にも、半島部にはムスリム間の親族・相続関係、イスラーム道徳などに関する領域を扱うシャリーア裁判所が存在する。